Η βονοπραζάνη καταστέλλει τη βασική και διεγερμένη έκκριση γαστρικού οξέος στην εκκριτική επιφάνεια του γαστρικού κυττάρου μέσω της αναστολής του ενζυμικού συστήματος H+, K+-ATPase με τρόπο ανταγωνιστικό για το κάλιο. Επειδή αυτό το ένζυμο θεωρείται ως η αντλία οξέος (πρωτονίου) εντός του γαστρικού κυττάρου, η βονοπραζάνη έχει χαρακτηριστεί ως ένας τύπος αναστολέα γαστρικής αντλίας πρωτονίων, καθώς εμποδίζει το τελικό στάδιο της παραγωγής οξέος. Η βονοπραζάνη μπορεί να συγκεντρωθεί επιλεκτικά στα γαστρικά κύτταρα τόσο σε κατάσταση ηρεμίας όσο και σε κατάσταση διεγέρσεως. Η βονοπραζάνη συνδέεται με τις ενεργές αντλίες με μη ομοιοπολικό και αναστρέψιμο τρόπο.
